1.ふるさと納税の証明書は年末調整の際に必要なのか?
結論から申しますと、年末調整でふるさと納税の控除は受けられません。
ですので年末調整の際に、ふるさと納税の証明書を会社に提出する必要はありません。

ふるさと納税の控除は年末調整では受けられませんので、会社に証明書を提出しなくてもいいです。

証明書を会社に提出しなくてもいいのか。
それなら、ふるさと納税の控除を受けるには、どうしたらいいの?
2.ふるさと納税の寄付金控除のしかた
ふるさと納税とは、自治体に対して寄附を行った場合に、寄附額のうち2,000円を超える部分について、所得税および住民税からそれぞれ控除が受けられる制度です。
控除を受けるには確定申告を行うか、ワンストップ特例制度を利用します。
ワンストップ特例制度
ワンストップ特例制度とは、確定申告の必要がない給与所得者で、ふるさと納税を申し込んだ先の自治体の数が5団体以内の場合に限り、ふるさと納税の申込先の自治体に申請することで確定申告しなくても寄付控除が受けられる制度です。

ふるさと納税の寄付先が5団体を超える場合はどうしたらいいのですか?

5団体を超える自治体にふるさと納税を行った場合に、寄付金控除の適用を受けるためには確定申告をする必要があります。
その他にも、医療費控除などで確定申告する場合はワンストップ特例制度を利用しないようにしましょう。
確定申告をしてしまった場合は、ワンストップ特例の申請が無効になってしまい寄付金控除の対象外になる恐れがあります。
ただ、ワンストップ特例の申請をしたが、誤って寄附金控除の適用を受けずに確定申告をした場合は、更正の請求により寄附金控除の適用を受けることができます。
ワンストップ特例制度の利用
ワンストップ特例制度を利用するには、自治体やふるさと納税サイト、楽天などでふるさと納税を行う際に、寄付の都度ワンストップ特例制度を利用するか選択することができます。
寄付をした自治体から書類が送られてきますので、必要事項を記載して返信用封筒に書類を同封して送付します。